Первая футбольная команда на ст.Лиски создана в 1923г. и носила название «Учкомпрофсож». Ну, а историю «Локомотива» следует, вероятно, вести с 1936г., когда было организовано ДСО железнодорожников (12 января). Тогда у московского «Локомотива» появилось множество «младших братьев», в том числе и в пос. Свобода (так в 1928-1943гг. назывались Лиски, ставшие в 1937г. городом).

С 50-х годов «Локомотив» практически постоянно находится в первой группе первенства Воронежской области, но в лидеры не входит. В 60-80-е годы были даже случаи «вылета» «Локомотива» Георгиу-Деж (так назывались Лиски с 1965 по 1991гг.) во вторую группу, но визиты эти были краткосрочны. В 1984 г. железнодорожники стали финалистом кубка области, но в финале крупно проиграли воронежской «Стреле» — 0:5. В 1991г. «Локомотив» занял 16-е место, и согласно «Положению о розыгрыше...» должен был покинуть 1-ю группу, но реорганизация чемпионата Воронежской области не только спасла «Локомотив», но и принесла ему в следующем сезоне 7-е место. И вот наступил 1993г., ставший переломным в жизни футбольной команды из Лисок, после чего «Локомотив» и начал стремительное восхождение к футбольным вершинам. Став бронзовым призером областного первенства и отказа команд, занявших 1-2 места, защищать честь Воронежской области в чемпионате России среди любителей было предоставлено лискинскому «Локомотиву». Все это время команда представляла Лискинское отделение Дорсовета Ю.-В. ж.д. ДСО «Локомотив».

В 1994 г. Футбольный клуб «Локомотив» получил свое второе рождение. В год дебюта, выступая в зоне «Центр» (группа «А»), железнодорожники заняли 2-е место и получили право участвовать в финальном турнире в группе «А», проходившем в г. Курган. Этот барьер они преодолели успешно, заняв 3-е место и войдя в «шестерку» сильнейших команд России среди любителей. Этого оказалось достаточно, чтобы получить право выступать в 1995г. среди команд мастеров третьей лиги чемпионата России. Не менее твердой поступью лискинский коллектив продолжил шествие по «этажам» турнирной таблицы и в 1995г. Железнодорожники и здесь завоевали «серебро» во второй зоне третьей лиги, и из 6-ти команд, занявших в своих зонах вторые места, в заочном «розыгрыше», распределенному по проценту набранных очков, заняли 4-е место. Благодаря этому футболисты «Локомотива» получили путевку во 2-ю лигу.

С 1996г. лискинцы выступали во 2-й лиге (в 1998г. все лиги были преобразованы в дивизионы), и сразу завоевали себе неплохую репутацию. С 1994 по 1997гг. команда из года в год прогрессировала, а с 1998г. показатели лискинцев неизменно ухудшались.
Когда футболисты «Локомотива» в 2003г. вернулись на уровень КФК, была вновь предпринята попытка вернуться во 2-й дивизион. Лискинцы старались, как могли, но «Ротор-2» был вне конкуренции. К тому же гл. тренер Лушин, готовивший команду на предсезонке, накануне первого матча сезона 2003г. покинул неожиданно команду, и первые 2 выездных матча оказались провалены. Но «старый-новый» главный тренер «Локомотива» В.Б. Пономарев, с именем которого связаны все успехи железнодорожников, совершил поистине чудо и сумел организовать погоню за волгоградцами, правда безуспешную («Локомотив» занял 2 место).
После отъезда Пономарева в дубль саратовского «Сокола», главным тренером «Локомотива» в январе 2004г. был назначен Геннадий Сошенко. С поставленной задачей вернуться во второй дивизион команда справилась успешно, забронировав первое место в «Черноземье» за два тура до финиша.

Сезон 2005г. лискинский «Локомотив», вернувшийся во второй дивизион, завершил на почетном для «новичка» 8 месте.

Сезон 2006г. «Локомотив», сохранивший основной состав, завершил на 10 месте, что можно считать, как маленький шаг назад. Достижением, можно считать, только то, что лучшим бомбардиром дивизиона «Центр» с 16 мячами стал нападающий лискинского «Локомотива» Сергей Фаустов.

Сезон 2007г. «Локомотив» откровенно провалил, заняв предпоследнее 15 место. После поражения в 21 туре от воронежского «Динамо» в отставку был отправлен ст. тренер Г.Сошенко и бразды правления были отданы ветерану «Локомотива» И. Пывину. Под его руководством обновленная на 70 % команда входит в сезон 2008, где занимает уже 11 место. А вот в сезоне 2009 г. «Локомотив» приятно удивил многих, заставив считаться с собой, и занял 6 место.

В 2010 году команде «Локомотив» была поставлена задача занять место в первой «пятерке». И все шло к этому, и лишь смазанная концовка чемпионата, не позволила выполнить задачу. Итоговое место-9.  Далее Локомотив в течении шести лет был постоянным участником Первенства России по футболу среди команд Второго дивизиона зоны Центр. Наиболее яркой страницей в истории клуба, стал выход в 1/16 финала Кубка России по футболу, где в гости к лискинской команде пожаловала Легенда Отечественного футбола московское Динамо. В 2016 г. Локомотив по финансовым причинам не принял участие в Первенстве России по футболу второго дивизиона , а в 2017 г. потерял статус профессионального клуба. В данный момент клуб выступает в первенстве России среди команд МОА Черноземье (третий дивизион). ;